No dia 8 de janeiro de 1597, Hideyoshi assinou o decreto de condenação à morte desses 24 heróis da Fé, por motivos exclusivamente religiosos. A eles se juntaram mais tarde dois outros que os haviam acompanhado no trajeto.
Hanzaburo Terazawa, irmão do governador de Nagoya, recebeu de Hideyoshi a ordem de executar todos os prisioneiros e foi encontrá-los num lugarejo próximo dessa cidade.
Quando viu Luís Ibaraki, ficou em extremo embaraçado. Sentindo-se responsável pela morte de uma inocente criança, ofereceu-lhe a liberdade, se ele quisesse entrar a seu serviço. O menino deixou a decisão a cargo de Frei Pedro Batista. Este respondeu em sentido afirmativo, com a condição de que lhe fosse permitido viver como católico.
Hanzaburo não contava com essa resposta. Após alguns instantes de perplexidade, replicou que, para continuar vivo, Luís deveria renegar a Fé católica.
“Nessas condições, não vale a pena viver” – treplicou o decidido coroinha. Outra forte emoção apossou-se de Hanzaburo, ao descobrir entre os prisioneiros seu velho conhecido Paulo Miki. Nos antigos tempos, havia ele assistido a algumas de suas aulas de catecismo. Quantas recordações remoeram seu espírito!
Vendo-o assim comovido, Paulo Miki aproveitou a oportunidade para lhe pedir três favores, os quais dificilmente poderiam ser negados: que a execução fosse na sexta-feira, e lhes permitisse antes confessar-se e assistir à Santa Missa. Hanzaburo consentiu, mas depois, receando a reação do tirânico Hideyoshi, voltou atrás.
Por sua ordem, ergueram-se 26 cruzes numa colina perto de Nagasaki.
Na manhã de 5 de fevereiro, a caminho do local do suplício, o catequista João de Goto viu aproximar-se seu venerável pai. Como despedida, vinha ele demonstrar ao filho como não há coisa mais importante do que a salvação da alma. Após estimular o jovem a ter muito ânimo e fortaleza de alma, exortando-o a morrer alegremente, pois morria a serviço de Deus, acrescentou que também ele e sua mãe estavam dispostos a derramar o sangue por amor de Cristo Jesus, se necessário fosse.
